Von Gletschern bis zu Palmen: 122 Kilometer, auf denen die Landschaft sich komplett verwandelt.
Streckenprofil schematisch, nicht maßstabsgetreu.

Am Ospizio Bernina erreicht die Strecke 2.253 Meter — und das ganz ohne Zahnradantrieb: Der Bernina Express bleibt auf der gesamten Fahrt eine reine Adhäsionsbahn, die sich allein über die Reibung zwischen Rad und Schiene den Hang hinaufarbeitet. Das macht ihn zur höchsten Bahnüberquerung Europas ohne Zahnstange, mit Steigungen von bis zu 7 % auf offener Strecke.

Kurz vor Filisur schiesst der Zug aus einem Felstunnel direkt auf das 65 Meter hohe, gekrümmte Landwasserviadukt — das eigentliche Wahrzeichen nicht nur dieser Strecke, sondern des gesamten UNESCO-Welterbes "Rhätische Bahn in der Landschaft Albula/Bernina", das seit Juli 2008 anerkannt ist. Die Albula- und die Bernina-Linie tragen diesen Status gemeinsam, als eines von wenigen aktiven Eisenbahnnetzen weltweit mit UNESCO-Auszeichnung.
Auch hier gilt eine Reservierungspflicht — unabhängig vom Swiss Travel Pass, der nur die Fahrt selbst abdeckt. Die Gebühr unterscheidet sich je nach gewählter Teilstrecke: CHF 32 für die kürzere Strecke St. Moritz–Tirano, CHF 40 bis 44 für die komplette Fahrt Chur–Tirano. Für sperriges Gepäck steht ebenfalls ein Kurierservice als Alternative zum Mitführen im Zug bereit.

Was diese Strecke von den anderen drei unterscheidet, ist der klimatische Kontrast innerhalb einer einzigen Fahrt: Oben am Ospizio Bernina liegt oft noch Schnee neben Gletscherresten, unten in Tirano wachsen bereits Palmen im mediterranen Klima Norditaliens — ein Höhenunterschied von über 1.800 Metern auf gerade einmal rund vier Fahrstunden verteilt.
Der Bernina Express fährt ganzjährig. Im Winter ist die verschneite Passhöhe rund um den Ospizio Bernina ein eigener Anziehungspunkt, im Sommer sind die Gletscherblicke — etwa auf den Morteratschgletscher — klarer zu erkennen, bevor der Zug wenig später bereits durch die milderen Rebhänge oberhalb von Tirano fährt.